美国心脏协会

4283年

美国心脏协会/日立/ BurstIQ COVID-19数据挑战

检查Covid-19之间的关系,其他健康状况,健康状况和/或健康的社会决定因素。
阶段:
第2阶段结束
奖:
$ 45,000奖金
概述

挑战概述

概述

美国心脏协会Covid-19数据挑战的目标是检查Covid-19,其他健康状况,健康状况,健康状况和/或社会决定因素之间的关系。

日期

阶段1:

开始:5月12日,2020年
结束:2020年7月12日

第2阶段:

开始:2020年9月1日
结束:11月1日2020年

背景

美国心脏协会精准心血管医学研究所试图更好地理解COVID-19、其他健康状况、健康差异和健康的社会决定因素之间的关系。健康方面的差距包括贫穷、环境威胁、获得保健的机会不足、个人和行为因素以及教育方面的不平等。健康的社会决定因素包括食物供应、住房、经济和社会关系、教育和保健等资源。

COVID-19数据挑战要求参与者使用精密医学平台(PMP)测试COVID-19、其他健康状况、健康差异和健康使用的社会决定因素之间的关系他们自己的数据和/或可在精密药平台上提供的数据

奖项和评估

挑战奖品

美国心脏协会COVID-19数据挑战包括两个阶段。第一阶段将于2020年5月12日至7月12日举行。经过同行评审的前六名申请者每人将获得5000美元。这六名申请人将进入2020年9月1日至11月1日美国心脏协会COVID-19数据挑战的第二阶段。根据美国心脏协会COVID-19数据挑战第二阶段同行评审,排名第一的申请人将获得1.5万美元。

评估

将由同行审查委员会审查挑战:

  • 从分析和调查结果中了解到的新信息,这些信息解决了数据挑战的重点 - Covid-19之间的关系,健康障碍和健康的社会决定因素之间的关系
    • 数据分析的调查结果或结果
    • 数据和数据分析方法支持研究结果和新学到的信息
  • 调查结果的整体影响和分析Covid-19,其他健康状况,健康状况,卫生障碍和社会决定因素之间的关系

提交

之上登记对于数据挑战,将提供每个参与者/团队PMP工作区,免费以完成对挑战的分析。结果必须在下午5点之前提交。中央7月12日,2020年被认为是数据挑战。有关提交要求的详细信息以及如何提交结果提交部分。信息关于PMP工作区提供入门部分

指导方针

挑战指南

如何参加

按照以下步骤开始并参与挑战:

1.注册PMP账户

  • 如果你还没有这样做,注册PMP帐户开始
  • 个人参与挑战需要报名对于PMP帐户注册挑战。
  • 作为的参与者团队的一部分希望参加挑战应该有代表成员(例如PI)注册挑战和每一个团队成员需要报名对于PMP帐户

2.挑战登记

笔记:挑战注册的工作空间请求部分使用标准的工作空间请求表单。因此,有些部分不适用于参与者。2020年5月12日至7月12日,COVID-19挑战参与者可以免费获得工作空间

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  • 填写表单,然后单击“下一步工作空间”详细信息 -
    • 如果您是一个现有的PMP用户,请选择您现有的工作空间,否则选择创建一个新的工作空间
    • 选择否协会授予申请人状态
    • 除非您熟悉AWS大小,否则请勿更改默认的群集选择(这可以稍后更改)
    • 挑战赛参加者可免收费用,请同意缴付。不会收集账单信息。
  • 填写表格并点击下一步:研究详情 -这是标准PMP工作区申请表。请通过执行以下操作填写研究详细信息部分:
    • 为需要文本输入的所有部分键入“数据挑战”
    • 选择*任何类型的研究
    • 选择*任何类型的重点研究和疾病区域
    • 如果不确定,则在研究目的部分中选择否则
  • 填写表格并单击“提交”:审核 -挑战参与者将不会被指控
    • 单击“提交”后会出现确认通知

干杯!您现在在PMP和数据挑战上注册!

  • 需要提供工作空间最多需要36小时
  • 当工作区可用时,您将收到电子邮件通知
  • 看看入门部分当您的工作空间已被分配

数据

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参与者可以将自己的De-Identified数据集带到PMP。有关如何将数据传输到平台的信息上传,访问,下载数据在PMP中开始。

公共数据可用

正如,解释在入门在PMP部分,可公开数据可以访问PMP中的各种方式包括直接下载数据并从存储库中拔出/克隆数据。此外,Burst IQ Research Foundry收集了各种数据集,包括许多Covid-19数据集,并使其在PMP中可以访问。列出了通过Burstiq的研究铸造厂访问PMP的公共数据集表这里。有关如何使用Burstiq访问数据集的详细信息入门在PMP部分。

提交细节

提交要求

精密医学平台(PMP)提供了一个友好的Web UI,允许用户访问安全,基于云的环境,并包含各种标准软件和诸如Python R的包装。平台工作区利用Jupyter和Rstudio允许用户创建笔记本以记录和显示结果。每个参与者必须从他们的个别工作空间提交一个笔记本,该工作空间提供以下内容:

  • 全名
  • 机构(如适用)
  • 电子邮件地址
  • 电话号码
  • 调查结果的250字描述以及如何应用它们
  • 用于建立,测试和验证模型的数据分析和数据集的描述
  • 数字或表格(如果适用)

可以找到关于Jupyter笔记本电脑的更多信息在这里。可以找到更多地形成R笔记本在这里

提交结果

提交笔记本

完成分析并创建了一个笔记本会议,符合上面概述的标准按照以下步骤提交您的笔记本供审核:

  • 提交的笔记本应该是HTML格式。在Jupyter中,请按照下列步骤操作:
    • 在文件菜单中,选择下载as> html(.html)。HTML文件将下载到临时下载文件夹
    • 单击将HTML文件重新上传到工作区上传图标或点击上传jupyter主页选项卡上的按钮。
  • 在工作区中,将笔记本保存在/mnt/workspace/ my_notebook目录中工作区门户网站
  • 笔记本会列在工作区门户网站页。在笔记本电脑的右侧,单击
  • 共享笔记本会创建一个静态链接,将由Covid-19数据挑战对等审查团队使用。
    笔记:只有笔记本中的信息将对同行评审团队可见。因此,您必须在共享之前包含必要的一切。如果在共享后进行更改,则必须重新分享。

附加信息

  • Covid-19数据挑战申请人在2020年5月12日至7月12日之间提供免费PMP工作区
  • 提供工作空间最多需要36小时
  • PMP工作区将于下午5点关闭。中央数据挑战的最后一天,除非您决定继续在PMP作为付费客户使用
  • 工作空间中的数据不会在挑战的最后一天保存,除非您决定继续使用PMP作为付费客户
  • PMP笔记本必须在下午5点之前共享。中央7月12日,2020年7月被认为是数据挑战
  • 在这里查看用户文档以获得帮助如何管理工作区

入门精密医学平台

笔记:如果您还没有这样做,请注册帐户在精密医学平台上(PMP)

关于精密药平台

概述

PMP是一种安全的HIPPA兼容和FEDRAMP认证的基于云的生态系统,用于促进数据共享,协作和功率计算。PMP工作空间是一个交互式AWS云环境,包括用于生物医学分析中的公共工具和软件,使用户能够轻松地存储数据,协作和执行分析,同时还按需访问弹性,功率计算资源。

  • 了解有关精密药平台的更多信息在这里
  • vwin000.com探索精准医疗平台工作空间的功能在这里

合作

该平台通过使用户共享工作空间并在私有的安全云环境中进行分析来促进协作和再现性。用户还可以通过传统的开发方法(如GitHub)合作。

PMP的协作是简单的,因为所有数据和分析都驻留在一个安全的工作空间中,除非参与者/团队代表选择与同事合作合作分享工作空间PMP工作区门户

笔记:参与者有责任确保合作者在分享时有适当的数据访问批准。

PMP中的功率计算

有多种方法可以在精密医学平台中利用功率计算,即:

  • EMR,通过Spark自动缩放
    • 使用Spark基的软件包或软件的分析可以利用EMR工作空间自动缩放群集架构来优化性能
  • 弹性,高性能计算
    • 需要通过传统并行计算方法优化软件的分析可以利用EC2、GPU和CPU架构选项

默认工作区架构旨在满足大多数用户的需求,但是根据需要增加和定制架构大小。请在工作区中增加计算资源或在PMP上获得电力计算的帮助联系我们

使用条款

该资金产生的任何发明,知识产权或专利都受到AHA专利,知识产权和技术转让政策的管辖

在PMP中上传、访问和下载数据

联系我们如果在任何时候,您都无法上传或访问数据。

上传数据到PMP

上传文件

文件可以上传到平台上工作区门户网站页面,单击上传图标。上传文件后,您已启动工作区,将在Jupyter主页(路径:/ MNT / Workspace / Scratchbucket /)上标记为ScratchBucket的文件夹中找到文件。

SFTP传输

如果您有非常大的数据文件并且需要SFTP设置以上传数据,请通过技术支持

访问PMP中的数据

如上所述,公共数据可以在PMP工作区中以各种方式访问​​,包括直接下载数据并从存储库中拔出/克隆数据。下面描述了从下载链接,存储库和Burstiq访问数据的步骤。

直接在精密药平台下载数据

可以在工作区中以与个人电脑相同的方式下载数据。在Firefox中添加一个新标签,导航到下载链接,并单击下载。

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  • 这将在临时下载文件夹中下载数据。只需点击上传在Jupyter或Jupyter Lab上传下载的文件并将其保存到工作区。

从存储库中拉或克隆数据

在Workspace函数中使用Git存储库,就像在个人计算机上一样的方式。要提取数据或克隆存储库,只需转到工作区中的存储库(如下所示的右侧的第一个选项卡)。

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  • 可以通过JupyterLab或在jupiter Home选项卡中单击New >终端在工作空间中打开终端
  • 设置SSH键或使用登录凭据与您的个人计算机一样。
  • 上面的示例是从约翰霍普金斯克隆Covid-19 CSSE_Daily_Reports存储库。

小费:设置SSH键时务必访问工作区中的存储库。您无法从工作区中复制SSH键

通过Burstiq访问数据

由Burstiq主持的研究铸造厂是一家来自世界各地的卫生研究人员,组织和创新者的联盟。Burstiq目前通过块链连接占100多个数据集(其中13个是Covid-19)。作为CoVID-19数据挑战的一部分,您可以请求访问研究代工厂并选择任意数量的数据集。有关如何注册研究铸造厂并访问公开数据列表的信息如下:

  • 为了能够访问研究代办数据集,必须首先注册一个研究铸造帐户。填写表格,并将发送电子邮件给您确认您的帐户。
  • 研究铸造厂利用突发链来管理并提供数据访问。这是通过发出用户在访问数据时作为用户凭据的私有/公钥对来完成的。创建帐户后,登录并配置密钥。
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  • 确保保存您的专用性!如果未保存,您将无法恢复它,并且您需要获得新密钥
  • 在注册帐户后,您将访问开发人员文档,可以开始使用Burstiq提取数据
    • 创建帐户后,单击右上角的菜单图标
    • 要通过Burstiq访问数据,需要使用BURST API来提供其私有ID,DataSet ID和TQL查询。如何执行此操作的示例在教程,视频和研究摘要DataSets部分下的API文档页面上详述。此外,在MNT / Workspace / Research_foundry_examples下的PMP工作区中提供了Jupyter笔记本提供示例

从PMP中获取数据

工作区中的数据和代码可以与工作区门户网站将其移动到工作区中的/ mnt / workspace / my_notebooks目录。位于此目录中的文件将在“工作区”门户的“我的笔记本和数据”部分下显示。
笔记:由于工作空间的安全性,某些文件不会与工作区门户同步。要提取此数据,请提交票证技术支持

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共享工作区

PMP工作空间的设计是这样的:当用户提供工作空间时,除了用户之外,没有人可以访问(包括关联)。所有的代码和数据都藏在一个安全的、有围墙的花园里,任何人都无法进入。为了促进协作并为从事项目的团队提供工作区访问,工作区的所有者可以与拥有PMP帐户的其他人共享其工作区。共享用户可以访问工作空间中的所有代码和文件,并且工作空间所有者有责任在共享工作空间之前确保用户拥有适当的数据批准。要与用户共享工作空间,请单击工作区门户网站。在PMP上输入用于共享用户的电子邮件,并设置任何所需的约束(例如,允许共享/发布代码或允许启动/停止工作区)

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启动和停止工作区

该关联建议在几天或更长时间内暂停工作区。这保留了运行和维护工作空间所需的整体资源,并允许更新完成。单击红色暂停按钮可以暂停工作空间工作区门户网站。此外,用户可以在暂停和重新启动时更改体系结构并计算选项。重新启动后,将提供配置和EMR,EC2-GPU或EC2-CPU工作区的选项。有关定制调整选择,请联系我们

软件

预装软件

PMP工作空间配有R,Python,Scala,Spark,以及各种标准封装和软件,用于预先安装的临床和生物医学分析。这些包括各种机器学习和统计建模包装和软件,如克拉斯,张量流,Pytorch和插入符号。还提供了通过生物体和其他命令线工具可获得的常见遗传包装。可以找到平台上可用的包和软件的完整列表在这里。工作区利用,jupyter,jupyterlab和rstudio提供基于UI的环境,供用户进行分析。Jupyter主页(/ MNT / Workspace /)上的README笔记本提供有关工作区使用的信息,包括故障排除说明,软件引用和教程。

自定义工作区和安装软件

工作区也完全可定制。许可证软件可以为具有许可证的用户安装SAS和MATLAB。Python和R基于R的软件包可以通过PIP和Install.packages()轻松安装用户。工作区具有红色帽子,Linux操作系统。yum可用于获取,安装和管理软件包。用户授予root访问权限,以使用户能够自定义其工作区以满足其需求。

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教程和例子

平台上提供了各种教程和示例。从Spark的机器学习,到GWAS分析,再到解释软件安装和基本计算概念的教程。PMP工作空间的设计是这样的:当为用户提供工作空间时,除了用户之外没有人可以访问(包括AHA)。所有的代码和数据都藏在一个安全的、有围墙的花园里,任何人都无法进入。在ReadMe notebook中提供了这些教程的概述,其他教程和示例可以在工作区的Home (/mnt/workspace)目录中的jupyter_notebook文件夹中找到。用户还可以请求数据科学和支持服务,以帮助进行信息和数据科学分析。的更多信息联系我们。

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